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北京盛世元鸿职业技能教培中心
关于“Lammps分子动力学”专项应用技术培训班
——通 知
分子动力学MD(MolecularDynamics)模拟是用计算机方法来表示统计力学,作为实验的一个辅助手段。MD模拟用来研究不能用解析方法来解决的复合体系的平衡性质和力学性质,用来搭建理论和实验的一个桥梁,在数学、生物、化工化学、物理学、医药、材料科学和计算机科学交叉学科占据重要地位。分子模拟在现代科学技术研究开发中发挥着重要的作用,一方面,它能从本质上定量化探索机理和规律,另一方面,又能促进我们的研究开发工作向经济、高效和有预见性的方向发展。近年来,分子动力学计算模拟,发展和普及得异常迅速,出现多款功能强大的计算模拟软件。
如LAMMPS全称是“大规模原子分子并行模拟器”主要用于分子动力学相关的一些计算和模拟工作,LAMMPS具有良好的并行扩展性,可以支持包括气态,液态或者固态相形态下、各种系综下、百万级的原子分子体系,并提供支持多种势函数,吸引越来越多的计算模拟科研人员使用,分子动力学培训班可以为广大LAMMPS相关研究人员提供一个良好学习平台,在较短的时间内对分子动力学理论以及LAMMPS使用的基础知识进行更有效的掌握,为今后更深一步的分子动力学模拟打下坚实的基础。
由“北京盛世元鸿职业技能教培中心”主办(www.shengshiyuanhong.com.cn)特邀Lammps研发领域一线专家主讲本期“分子动力Lammps专项应用技术培训”将于2020年09月11日-09月13日,在线上以线上直播方式与各界人士进行教学交流!
欢迎从事化学、化工、材料、物理、生物、计算机、医药等领域相关人员积极报名参加!具体事宜如下:
一、时间地点: 2020年9月11日—2020年9月13日 (腾讯会议直播)授课三天
二、培训目标:
本次学习本着“理论实践并重、学以致用”的目的,采用深入浅出的方法,先从分子动力学模拟的基本原理出发, 结合简单案例引导学员入门,通过实例参考了解解决实际问题的途径与软件操作,随后紧密结合应用实例, 针对模拟中存在的疑难问题进行分析讲解和专题讨论,有效提升学员解决复杂模拟建模与分析的能力, 从而更好地满足学员不同方面的科研需求。
三、主讲专家:
中国科学院、清华大学等科院研所的高级专家,拥有丰富的科研及工程技术经验,长期从事该领域的重大项目研究工作,具有资深的技术底蕴和专业背景。运用lammps所做的科研工作已发表在ACS Macro Letters,Carbon,Scientific Reports,Computational Materials Science等国际学术期刊。
四、参会对象:
全国各省市从事化学、化工、材料、物理、生物、计算机、医药等领域相关的企事业单位技术骨干、科研院所研究人员、高校和大专院校相关专业教学人员及在校本科生、研究生、工程师等相关人员。希望运用分子动力学模拟研究的从业者。
Lammps ——课程大纲
时间 | 大章节 | 小章节 |
第一天 | 一、MD模拟的基本逻辑思路、
二、Lammps软件学习框架、
三、Lammps研究的几方面重要资源 | 1、linux系统简介,常用基础命令操作讲解 2、分子模拟的发展历史、分子模拟的优势和局限 3、分子模拟的基本框架:建模(前处理)、采样(模拟)、分析(后处理) 4、基本动力学方程:分子动力学的基本假设和理论框架 5、数值算法:分子动力学常用的数值算法及选择它们的理由 6、运动方程/边界/截断/长程作用/系综/控温控压等一系列基本概念介绍 7、力场(经验势函数):如何针对不同系统选用不同的势函数,此部分为分子动力学的核心。同时还会介绍一点MD的GPU计算相关内容 8、模拟-理论-实验三者之间的关系及其在lammps模拟中的体现和模拟注意事项 |
四、In文件的基本逻辑框架、基本命令 | 1、用 LAMMPS操作完成Lennard-Jones melt问题的分子动力学模拟 2、了解in文件的基本结构及其逻辑安排 3、学习最常用的lammps命令,包括有序结构初始构型的建立方法、时间步长的设置、构型的输出 4、通过ovito、VMD可视化软件来看动画做图片以及结构分析等 | |
第二天 | 五、Lammps建模 | 1、学习data文件的结构以及编写方法和注意事项 2、学习有序晶体结构的建模方法 3、学习用VMD、packmol、Moltemplate、MS软件、topotool命令来建立涉及水、碳管、石墨烯、高分子链、复合系统等无序体系的初始构型,并导出lammps能用的data文件的方法 4、通过具体的练习,亲自操作,加深学员对于这些软件、方法的掌握。 |
六、用Lammps模拟具体物理问题(应用中存在的问题) | 1、用 LAMMPS操作完成 crack、shear、flow、friction等问题的分子动力学模拟,并将结果利用VMD、OVITO软件进行可视化 2、学员在此阶段可进一步学习LAMMPS in文件的编写及可视化软件VMD的使用,制作精美图片、动画 3、通过练习,学员亲自上机实践,加深对lammps关键命令的理解;了解关键命令应用中的一些注意事项。模拟中出现错误后的调试思路;分阶段模拟复杂物理问题的技术方法; | |
第三天 | 七、用Lammps输出研究所需要的数据信息 | 1、利用LAMMPS完成melt, crack问题的研究,并分析模拟所得结果 2、运用lammps对系统施加不同力学载荷、模拟磁场、电场以及控温、控压等操作的实现;结构优化、动力学优化的设置 3、学习用lammps输出分析所需要的系统不同层次的信息的方法;进一步讲解VMD、OVITO在模拟结果分析中的作用 4、进一步学习金属体系、高分子体系、水分子团、reaxff化学反应等的模拟设置;Lammps模拟中各种变量的设置; 5、通过具体的练习加深对lammps施加不同载荷的命令的理解。 |
八、大量实例(已发表文章)赏析 | 1、大量全原子分子动力学模拟、粗粒化分子动力学模拟实例讲解 2、通过多个实例的演示学习,加强学员对lammps模拟中数值模型的建立、主要文件的编写、系统平衡、时间步长选择、出错调试、多命令组合实现复杂功能等等一系列重要问题的认识 3、基于GPU的MD计算软件HOOMD介绍,与lammps的异同。 | |
九、辅助课程 | 1、详针对性解决学员疑难问题进行答疑讨论 2、搭建长期学习平台及技术指导(建立微**流) |
五、参会费用
统一收费:3600元/人(含培训费、资料费、指导费、发票费等)费用提供用于报销的正规机打发票及盖有公章的纸质通知文件;如需开具培训费的单位请联系会务人员要培训通知;
六、专项优惠政策(两项费用优惠不可同时享用)
(1)参加线上课程,后期本人可无限次数参加线上或线下培训,学会为止。
(2)9月2日之前报名缴费,每人优惠100元
(3)3人及以上团报每人优惠/200元
(4)5人及以上团报可赠送一个免费名额
七、颁发证书 (参课学员可申报认证 统一收费:500)
中国管理科学研究院职业教育研究所 颁发《Lammps 分子动力学》应用工程师,该证书可作为有关单位专业技术人员能力评价、以及求职应聘和从业人员加薪、晋升、考核等任职的重要依据。
申报资料:请准备两寸蓝底照片、身份证及学历证明(学生证、毕业证、学位证都可)电子版即可。
八、报名方式
联系人:刘老师 18311050656(同微信)
邮 箱:ssyh_bj@188.com 座机:010-53350015
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